Az adóhatóság az adózó adókötelezettségét (az állami adó- és vámhatóság esetében ideértve a vámot és az egyéb fizetési kötelezettséget is) és költségvetési támogatási igényét, valamint az arra teljesített befizetést és kiutalást az adózó adószámláján tartja nyilván. A kötelezettségek a bevallásokból, önellenőrzésekből, adó- és vámhatósági határozatból kerülnek a számlára. Az adózó befizetései, kiutalások a pénzügyi bizonylatok alapján kerülnek felkönyvelésre. Az adatok adónemenként külön számlára kerülnek.

Ha az adózónak adótartozása nincs, és bevallási kötelezettségeinek eleget tett, rendelkezhet a fennmaradó összeg (adószámla negatív egyenlege) visszatérítéséről. Rendelkezés hiányában az adóhatóság a túlfizetést a később esedékes adó kiegyenlítésére számolja el. Az adóhatóság a fennmaradó összeget csak akkor térítheti vissza, ha a befizetőnek nincs általa nyilvántartott, adók módjára behajtandó köztartozása.

A papír alapú bevallást benyújtó adózókat az adóhatóság postán keresztül küldött kimutatással értesíti, ha az adószámlájukon 2000 forint, vagy ennél nagyobb különbözet mutatkozik Art. 43.§. 8. bekezdés). Az elektronikus úton adózóknak saját maguknak kell megnézniük az eBEV- szolgáltatás keretében az adószámla egyenlegét. 

Speciális szabály található az adózás rendjéről szóló törvény 14.§. (9) bekezdésében. Eszerint, az egyéni vállalkozó, az ügyvéd, a szabadalmi ügyvivő, illetve a közjegyző tevékenységének, közjegyzői szolgálata szünetelésének időtartamára vonatkozóan - ha törvény vagy törvény felhatalmazása alapján kiadott jogszabály másként nem rendelkezik - ilyen minőségében adó-visszaigénylést, adóvisszatérítést, költségvetési támogatás-igénylést a szünetelés megszűnését követően sem kérhet, illetve a szünetelés időtartama alatt túlfizetés visszatérítését nem kérheti.

A túlfizetés visszaigénylésének elévülési határideje továbbra is 5 év, szemben az adótartozás végrehajtásához való joggal, mely 4 év alatt évül el. Az adó esedékességének naptári éve utolsó napjától számított négy évről beszélünk. (Lásd 164.§. 6. bekezdés)

Ha a túlfizetés visszaigényléséhez való jog az öt év elteltével elévül, és az adózó ezen időpontig nem kérte vissza a túlfizetését, akkor az elévülés bekövetkezése után már nem igényelhető és nem is utalható vissza a túlfizetés. Ezen összeg felett ekkortól megszűnik mind az adózó mind pedig az adóhatóság rendelkezési joga. 

Az önellenőrzés megváltoztathatja az elévülés eredeti időpontját, mert a túlfizetés adónemére benyújtott bevallás esedékességétől kell számolni az elévülést.

A túlfizetést mindig körültekintően kell meghatározni. Fontos kérdés, hogy egy adószámlán mutatkozó túlfizetés miből keletkezett. Előfordulhat, hogy más adónemekről vezettünk át összegeket, és az is benne van az adott adónemen mutatkozó túlfizetés összegében. Lényeges tudni, hogy ilyenkor a túlfizetés visszaigényléséhez való jog elévülése nem az átvezetés időpontjától számítandó, hanem a máshonnan átvezetett összeg eredeti adónemén keletkezett túlfizetés elévülését kell számításba venni.

Ezért, ha több adónemről történt összevezetés. akkor szét kell bontani az összeget a különböző adónemekre és megállapítani az eredeti elévülési időket, melyhez évekre visszamenőleg részletes analitikus nyilvántartás szükséges.