Általános érvényű szabály, hogy a pályázat beadását megelőzően megkezdett projektekre támogatás nem igényelhető. Ez azt jelenti, hogy folyamatban lévő, vagy már befejezett fejlesztésre, beruházásra már nem kaphatunk támogatást. Pályázati kiírása válogatja, hogy mi számít megkezdett fejlesztésnek. A projekt megkezdése lehet például eszközbeszerzés esetén az első megrendelés dátuma, építési beruházás esetén pedig az építési napló első bejegyzésének dátuma.

A pályázatok szinte kivétel nélkül utólag finanszírozottak. A legtöbb beruházás esetében ez azt jelenti, hogy a támogatáshoz a beruházás megkezdését követően, a már kifizetett számlák birtokában szakaszosan lehet hozzájutni.

Természetesen nem feltétlenül szükséges saját zsebből fizetni a pályázatot, ez esetben azonban megfelelő hitelképességgel, jó banki kapcsolatokkal, pénzintézeti háttérrel kell rendelkezni. Mind a kereskedelmi bankok, mind a Magyar Fejlesztési Bank tudnak olyan áthidaló hitelt nyújtani, amely lehetővé teszi a pályázati támogatás megérkeztéig tartó idő likviditásának megteremtését. Bizonyos projektek esetében a pénzügyi lebonyolítás könnyebb, hiszen több pályázat esetében van lehetőség akár a támogatási összeg 40 százalékáig terjedő előleg felvételére is. Az elszámolás is kedvezőbb, mivel a beruházás szakaszolható, és egy-egy szakasz eredményes pénzügyi lezárásával (tehát a számlák kifizetésével, az elszámolási dokumentumok kitöltésével) az arányos támogatáshoz már hozzá lehet jutni. Fő szabályként azonban elmondható, hogy egy pályázat benyújtásakor érdemes alaposan végiggondolni a végrehajtás pénzügyi részét.

Egy-egy pályázat sikerességéhez az alapos előkészület mellett tehát elengedhetetlen kellék a megfelelő finanszírozási háttér, amely vagy saját forrás, vagy megfelelő pénzintézeti forrás lehet. Mivel a támogatások kifizetése a gyakorlatban néha csúszást szenved, ezért komoly likviditás- tervezésre is szükség van egy pályázat előkészítése során.